Несовершенство НК признают как налогоплательщики, так и налоговые органы. Полномочия по разъяснению проблемных вопросов применения налогового законодательства в августе 2004 года были закреплены за Министерством финансов РФ. При этом за налоговыми органами по-прежнему сохраняется обязанность информировать налогоплательщиков о том же самом. Приоритетность позиций официальных органов в случае их расхождения - до сих пор понятие неоднозначное.
В последнее время создается впечатление активизации разъяснительной деятельности обоих ведомств. И чем дальше, тем чаще содержание их писем - "в пользу бюджета". Сопротивление этой позиции, как правило, прямая дорога в суд, что не каждый налогоплательщик может себе позволить. Несмотря на то что предписания многих писем достаточно спорны, налогоплательщикам спорить с этими документами напрямую в суде, казалось, было невозможно, так как зачастую эти акты преподносятся в качестве внутренних документов, указаний для проверяющих.