Автономное учреждение не является бюджетным учреждением, следовательно, ограничения пп. 17 п. 3 ст. 346.12 НК РФ, установленные в отношении бюджетных учреждений, к автономным учреждениям не применяются. То есть данные учреждения вправе применять УСН.
Об этом Письмо Минфина РФ от 28.07.2008 N 03-11-03/15.
Согласно пп. 17 п. 3 ст. 346.12 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) не вправе применять упрощенную систему налогообложения бюджетные учреждения.
При этом институты, понятия и термины гражданского, семейного и других отраслей законодательства Российской Федерации, используемые в Кодексе, применяются в том значении, в каком они используются в этих отраслях законодательства, если иное не предусмотрено Кодексом ( п. 1 ст. 11 Кодекса).
В соответствии с п. 1 ст. 120 Гражданского кодекса Российской Федерации учреждением признается организация, созданная собственником для осуществления управленческих, социально-культурных или иных функций некоммерческого характера и финансируемая им полностью или частично. Права учреждения на закрепленное за ним имущество определяются в соответствии со ст. 296 Гражданского кодекса Российской Федерации.
Учреждение может быть создано гражданином или юридическим лицом (частное учреждение) либо соответственно Российской Федерацией, субъектом Российской Федерации, муниципальным образованием (государственное или муниципальное учреждение).
Государственное или муниципальное учреждение может быть бюджетным или автономным учреждением.
Частные и бюджетные учреждения полностью или частично финансируются собственником их имущества. Порядок финансового обеспечения деятельности государственных и муниципальных учреждений определяется законом.
Частное или бюджетное учреждение отвечает по своим обязательствам находящимися в его распоряжении денежными средствами. При недостаточности указанных денежных средств субсидиарную ответственность по обязательствам такого учреждения несет собственник его имущества.
Автономное учреждение отвечает по своим обязательствам всем закрепленным за ним имуществом, за исключением недвижимого имущества и особо ценного движимого имущества, закрепленных за автономным учреждением собственником этого имущества или приобретенных автономным учреждением за счет выделенных таким собственником средств. Собственник имущества автономного учреждения не несет ответственность по обязательствам автономного учреждения.
Особенности правового положения отдельных видов государственных и иных учреждений определяются законом и иными правовыми актами.
Так, в силу положений ст. 6 Бюджетного кодекса Российской Федерации бюджетное учреждение - это государственное (муниципальное) учреждение, финансовое обеспечение выполнения функций которого, в том числе по оказанию государственных (муниципальных) услуг физическим и юридическим лицам в соответствии с государственным (муниципальным) заданием, осуществляется за счет средств соответствующего бюджета на основе бюджетной сметы.
В свою очередь, автономное учреждение представляет собой некоммерческую организацию, созданную Российской Федерацией, субъектом Российской Федерации или муниципальным образованием для выполнения работ, оказания услуг в целях осуществления предусмотренных законодательством Российской Федерации полномочий органов государственной власти, полномочий органов местного самоуправления в сферах науки, образования, здравоохранения, культуры, социальной защиты, занятости населения, физической культуры и спорта, а также в иных сферах ( ст. 2 Федерального закона от 03.11.2006 N 174-ФЗ ''Об автономных учреждениях''). В соответствии со ст. 6 Федерального закона N 174-ФЗ учредителем автономного учреждения является государство (в лице Российской Федерации или субъекта Российской Федерации) или муниципальное образование.
