Если средства из Фонда получены организацией в оплату стоимости выполненных работ, результаты которых передаются заказчику, то согласно ст. 249 НК РФ указанные средства следует рассматривать в качестве выручки от реализации работ.
Об этом Письмо Минфина РФ от 29.08.2011 N 03-11-06/2/123.
В соответствии со ст. 346.15 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) при определении объекта налогообложения организации учитывают доходы от реализации товаров (работ, услуг), имущественных прав и внереализационные доходы, определяемые на основании ст. ст. 249 и 250 Кодекса. При определении объекта налогообложения организациями не учитываются доходы, предусмотренные ст. 251 Кодекса.
Согласно пп. 14 п. 1 ст. 251 Кодекса при определении налоговой базы не учитываются доходы в виде имущества, полученного налогоплательщиком в рамках целевого финансирования. При этом налогоплательщики, получившие средства целевого финансирования, обязаны вести раздельный учет доходов (расходов), полученных (произведенных) в рамках целевого финансирования. При отсутствии такого учета у налогоплательщика, получившего средства целевого финансирования, указанные средства рассматриваются как подлежащие налогообложению с даты их получения.
К средствам целевого финансирования относится имущество, полученное налогоплательщиком и использованное им по назначению, определенному организацией (физическим лицом) - источником целевого финансирования или федеральными законами.
Если организация получила из Фонда содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере (далее - Фонд) сформированные за счет бюджетных ассигнований на основании Федерального закона от 13.12.2010 N 357-ФЗ ''О федеральном бюджете на 2011 год и на плановый период 2012 и 2013 годов'' средства на реализацию государственного контракта и использовала указанные средства на цели, определенные Фондом, и при этом результаты выполненных научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ остаются у организации-исполнителя, то данные средства в целях налогообложения налогом, уплачиваемым при применении упрощенной системы налогообложения, относятся к средствам целевого финансирования при соблюдении условий, установленных пп. 14 п. 1 ст. 251 Кодекса. В случае нецелевого использования указанных средств они облагаются указанным налогом с даты их получения.
