Минэкономразвития России Письмом от 10.08.2009 N 12997-СВ/Д13 поддержан проект федерального закона ''О внесении изменения в статью 146 части второй Налогового кодекса Российской Федерации'', подготовленный депутатами Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации В.С. Плескачевским, Е.Ю. Семеновой, Ю.В. Коганом и др., направленный на приостановление нормы абз. 2 п. 3 ст. 161 в части обложения НДС операций по реализации государственного и муниципального недвижимого имущества, не закрепленного за государственными (муниципальными) предприятиями и учреждениями, в отношении субъектов малого и среднего предпринимательства.
Об этом Письмо Минэкономразвития РФ от 19.03.2010 N Д05-770.
В соответствии с Федеральным законом от 26.11.2008 N 224-ФЗ ''О внесении изменений в часть первую, часть вторую Налогового кодекса Российской Федерации и отдельные законодательные акты Российской Федерации'' с 1 января 2009 г. при реализации (передаче) на территории Российской Федерации государственного имущества, не закрепленного за государственными предприятиями и учреждениями, составляющего государственную казну Российской Федерации, казну республики в составе Российской Федерации, казну края, области, города федерального значения, автономной области, автономного округа, а также муниципального имущества, не закрепленного за муниципальными предприятиями и учреждениями, составляющего муниципальную казну соответствующего городского, сельского поселения или другого муниципального образования, НДС уплачивается налоговыми агентами - покупателями (получателями) указанного имущества, за исключением физических лиц, не являющихся индивидуальными предпринимателями.
В то же время при реализации имущества, находящегося в государственной (муниципальной) собственности, но закрепленного за государственным (муниципальным) предприятием и учреждением во владение, пользование и распоряжение, нормы абз. 2 п. 3 ст. 161 Налогового кодекса Российской Федерации не применяются.
В этом случае организациям и индивидуальным предпринимателям (покупателям) при осуществлении подобных операций исполнять обязанности налогового агента не следует вне зависимости от того, кто является продавцом - орган государственной власти или балансодержатель.
Необходимо отметить, что в соответствии с Федеральным законом от 22.07.2008 N 159-ФЗ ''Об особенностях отчуждения недвижимого имущества, находящегося в государственной собственности субъектов Российской Федерации или в муниципальной собственности и арендуемого субъектами малого и среднего предпринимательства, и о внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации'' (далее - Закон N 159-ФЗ) преимущественное право на приобретение арендуемого субъектами малого и среднего предпринимательства недвижимого имущества распространяется как на имущество, находящееся в государственной (муниципальной) собственности, не закрепленное за государственными предприятиями и учреждениями, так и на имущество, закрепленное за государственным предприятиями и учреждениями.
Таким образом, сложилась ситуация, при которой субъекты малого и среднего предпринимательства, реализующие одинаковое право, несут разные налоговые обязательства.
Минэкономразвития России рассматривает подобный подход как нарушение принципа равенства поддержки субъектов малого и среднего предпринимательства, закрепленного Федеральным законом от 24.07.2007 N 209-ФЗ ''О развитии малого и среднего предпринимательства в Российской Федерации''.
