В соответствии с п. 7 ст. 5 Федерального закона от 28.12.2010 N 395-ФЗ положения п. 17.2 ст. 217 НК РФ применяются в отношении ценных бумаг (долей в уставном капитале), приобретенных налогоплательщиками начиная с 01.01.2011, и не влияют на порядок налогообложения доходов от реализации (погашения) ценных бумаг, приобретенных до указанной даты, в том числе полученных в обмен на приватизационные чеки.
Об этом Письмо ФНС России от 16.01.2013 N ЕД-4-3/254.
В период с 01.01.2002 по 01.01.2007 согласно п. 3 ст. 214.1 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) доходы налогоплательщика от реализации ценных бумаг, находившихся в его собственности три года и более, могли быть освобождены от обложения НДФЛ путем предоставления налогоплательщику имущественного налогового вычета в сумме, полученной налогоплательщиком при продаже ценных бумаг. Данный налоговый вычет мог быть предоставлен налогоплательщику источником выплаты дохода либо по окончании налогового периода при подаче налоговой декларации в налоговый орган.
Правом на получение данного налогового вычета налогоплательщик мог воспользоваться в случае, если его расходы на приобретение, реализацию и хранение ценных бумаг не могли быть подтверждены документально.
Федеральным законом от 06.06.2005 N 58-ФЗ ''О внесении изменений в часть вторую Налогового кодекса Российской Федерации и некоторые другие законодательные акты Российской Федерации о налогах и сборах'' с 01.01.2007 указанные нормы Кодекса признаны утратившими силу.
Таким образом, с 01.01.2007 по настоящее время ст. 214.1 Кодекса предусмотрена только возможность уменьшения доходов физических лиц по операциям с ценными бумагами на суммы фактически осуществленных и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением, хранением и реализацией (погашением) ценных бумаг, вне зависимости от срока владения ценными бумагами.
Сведениями об обстоятельствах, послуживших основанием для инициирования процесса внесения данных изменений в ст. 214.1 Кодекса, ФНС России не располагает.
По вопросу изменений порядка налогообложения доходов физических лиц по операциям с ценными бумагами, вступивших в силу с 01.01.2011, ФНС России сообщает следующее.
Федеральным законом от 28.12.2010 N 395-ФЗ ''О внесении изменений в часть вторую Налогового кодекса Российской Федерации и отдельные законодательные акты Российской Федерации'' (далее - Федеральный закон N 395-ФЗ) ст. 217 Кодекса, устанавливающая перечень доходов, не подлежащих налогообложению (освобождаемых от налогообложения), дополнена п. 17.2 , согласно которому не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) доходы физических лиц, получаемые от реализации (погашения) долей участия в уставном капитале российских организаций, а также акций, указанных в п. 2 ст. 284.2 Кодекса, при условии, что на дату реализации (погашения) таких акций (долей участия) они непрерывно принадлежали налогоплательщику на праве собственности или ином вещном праве более пяти лет.
Круг акций, указанных в п. 2 ст. 284.2 Кодекса, доходы от реализации которых при условии непрерывного владения ими в течение более пяти лет не подлежат обложению НДФЛ, ограничен и включает:
1) акции российских организаций, не обращающиеся на организованном рынке ценных бумаг в течение всего срока владения налогоплательщиком такими акциями;
2) акции российских организаций, обращающиеся на организованном рынке ценных бумаг и в течение всего срока владения налогоплательщиком такими акциями являющиеся акциями высокотехнологичного (инновационного) сектора экономики;
3) акции российских организаций, которые на дату их приобретения налогоплательщиком относятся к ценным бумагам, не обращающимся на организованном рынке ценных бумаг, и на дату их реализации указанным налогоплательщиком или иного выбытия (в том числе погашения) у указанного налогоплательщика относятся к ценным бумагам, обращающимся на организованном рынке ценных бумаг и являющимся акциями высокотехнологичного (инновационного) сектора экономики.