Если организация- судовладелец использует судно, зарегистрированное в РМРС, как для международных перевозок (один из пунктов находится за пределами Российской Федерации), так и для каботажных перевозок, для целей налогообложения прибыли не учитываются доходы и расходы, относящиеся непосредственно к деятельности по эксплуатации указанных судов в международных перевозках. Расходы, относящиеся к использованию судов, зарегистрированных в РМРС, для каботажных перевозок, учитываются при определении налоговой базы по налогу на прибыль организаций в порядке, установленном гл. 25 НК РФ.
Об этом Письмо Минфина России от 07.10.2013 N 03-03-06/1/41503.
В соответствии с пп. 33 п. 1 ст. 251 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) при определении налоговой базы не учитываются доходы судовладельцев, полученные от эксплуатации и (или) реализации судов, зарегистрированных в Российском международном реестре судов (далее - РМРС). Для целей гл. 25 Кодекса под эксплуатацией судов, зарегистрированных в РМРС, понимается использование таких судов для перевозок грузов, пассажиров и их багажа и оказания иных связанных с осуществлением указанных перевозок услуг при условии, что пункт отправления и (или) пункт назначения расположены за пределами территории Российской Федерации, а также сдача таких судов в аренду для оказания таких услуг.
Пунктом 48.5 ст. 270 Кодекса к расходам, не учитываемым в целях налогообложения, относятся расходы судовладельцев на обслуживание, ремонт и иные цели, связанные с содержанием и эксплуатацией судов, зарегистрированных в РМРС.
Согласно п. 3 ст. 256 Кодекса из состава амортизируемого имущества в целях гл. 25 Кодекса исключаются основные средства, зарегистрированные в РМРС, на период нахождения их в РМРС.
Следовательно, с 1 января 2012 г. начисление суммы амортизации в отношении всех судов, зарегистрированных в РМРС, не производится независимо от того, для каких целей они используются.
Таким образом, указанные выше положения Кодекса применяются в том случае, если суда, зарегистрированные в РМРС, используются для перевозок грузов, пассажиров и их багажа, при условии, что пункт отправления и (или) пункт назначения расположены за пределами территории Российской Федерации.
Если судно используется для осуществления каботажных рейсов, то есть пункт отправления и пункт назначения находятся в пределах Российской Федерации, то положения пп. 33 п. 1 ст. 251 и п. 3 ст. 256 Кодекса не применяются.
В случае если организация- судовладелец использует судно, зарегистрированное в РМРС, как для международных перевозок (один из пунктов находится за пределами Российской Федерации), так и для каботажных перевозок, для целей налогообложения прибыли не учитываются доходы и расходы, относящиеся непосредственно к деятельности по эксплуатации указанных судов в международных перевозках.
Расходы, относящиеся к использованию судов, зарегистрированных в РМРС, для каботажных перевозок, учитываются при определении налоговой базы по налогу на прибыль организаций в порядке, установленном гл. 25 Кодекса.