В случае принятия налоговым органом решения о возмещении налогоплательщику путем возврата сумм налога на добавленную стоимость, заявленных им к возмещению в налоговой декларации за налоговый период, предшествующий переходу налогоплательщика на упрощенную систему налогообложения, суммы этого налога при их получении в налоговую базу по налогу, уплачиваемому в связи с применением упрощенной системы налогообложения, не включаются.
Об этом Письмо Минфина РФ от 11.11.2009 N 03-07-08/233.
Согласно пп. 1 п. 1 ст. 164 гл. 21 ''Налог на добавленную стоимость'' Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) при реализации товаров, вывезенных в таможенном режиме экспорта, налогообложение налогом на добавленную стоимость производится по ставке в размере 0 процентов при условии представления в налоговые органы документов, предусмотренных ст. 165 Кодекса. При этом суммы налога на добавленную стоимость, предъявленные при приобретении товаров (работ, услуг), использованных при осуществлении указанных операций, подлежат вычету в порядке и на условиях, предусмотренных ст. ст. 171 и 172 Кодекса.
Пунктом 5 ст. 174 Кодекса установлено, что налоговая декларация по налогу на добавленную стоимость представляется налогоплательщиком в налоговые органы по месту его учета в срок не позднее 20-го числа месяца, следующего за истекшим налоговым периодом.
Таким образом, в случае если налогоплательщик налога на добавленную стоимость с 1 января 2010 г. переходит на упрощенную систему налогообложения, то налоговая декларация за IV квартал 2009 г. представляется этим налогоплательщиком в налоговые органы в срок не позднее 20 января 2010 г.
Учитывая изложенное, в случае если отгрузка товаров на экспорт и сбор полного пакета документов, подтверждающих правомерность применения нулевой ставки налога на добавленную стоимость, относятся к последнему налоговому периоду, в котором применялась общая система налогообложения, налогоплательщик имеет право на возмещение сумм налога на добавленную стоимость по приобретенным товарам (работам, услугам), несмотря на подачу налоговой декларации по этому налогу в периоде применения упрощенной системы налогообложения.
Что касается доходов, определяемых в целях исчисления объекта налогообложения при применении упрощенной системы налогообложения, то согласно п. 1 ст. 346.15 гл. 26.2 ''Упрощенная система налогообложения'' Кодекса при определении объекта налогообложения учитываются доходы от реализации и внереализационные доходы, определяемые в соответствии со ст. ст. 249 и 250 гл. 25 ''Налог на прибыль организаций'' Кодекса. В связи с этим при определении налоговой базы по налогу, уплачиваемому в связи с применением упрощенной системы налогообложения, суммы налогов, возвращаемые налогоплательщику из бюджета согласно нормам Кодекса , в составе доходов не учитываются, поскольку такие суммы не являются доходами от реализации и внереализационными доходами.