При расчете регулярных платежей за пользование недрами в случае получения лицензии на право пользования недрами, в том числе в конце отчетного периода, следует руководствоваться положениями Закона о недрах и исчислять их как 1/4 от суммы платежа, рассчитанного за год. В то же время, принимая во внимание отсутствие единого подхода к применению норм Закона Российской Федерации от 21.02.1992 N 2395-1 при расчете размера регулярных платежей в зависимости от периода приобретения права пользования недрами, полагаем целесообразным внесение в Закон Российской Федерации от 21.02.1992 N 2395-1 соответствующих изменений.
Об этом Письмо Минфина России от 14.03.2013 N 03-06-05-01/7648.
В соответствии со ст. 43 Закона Российской Федерации от 21.02.1992 N 2395-1 ''О недрах'' (далее - Закон о недрах) регулярные платежи за пользование недрами взимаются за предоставление пользователям недр исключительных прав на поиск и оценку месторождений полезных ископаемых, их разведку, геологическое изучение и оценку пригодности участков недр для строительства и эксплуатации сооружений, не связанных с добычей полезных ископаемых, строительство и эксплуатацию подземных сооружений, не связанных с добычей полезных ископаемых, за исключением инженерных сооружений неглубокого залегания, используемых по целевому назначению.
При этом на основании ст. 9 Закона о недрах права и обязанности пользователя недр, в том числе по уплате регулярных платежей за пользование недрами, возникают с даты государственной регистрации лицензии на право пользования участком недр.
Согласно положениям п. 4 ст. 43 Закона о недрах регулярные платежи за пользование недрами уплачиваются пользователями недр ежеквартально не позднее последнего числа месяца, следующего за истекшим кварталом, равными долями в размере 1/4 от суммы платежа, рассчитанного за год. Иного порядка расчета регулярных платежей за пользование недрами Законом о недрах не установлено.
В то же время анализ судебной практики свидетельствует об отсутствии единообразного подхода у арбитражных судов к рассмотрению споров по данному вопросу.
Один подход основан на том, что сумма регулярных платежей за пользование недрами, подлежащих уплате ежеквартально, в силу п. 4 ст. 43 Закона о недрах должна рассчитываться как 1/4 суммы платежа за год, исчисленной по соответствующей лицензии. Определение размера регулярного платежа за пользование недрами только за определенный период квартала противоречит буквальному толкованию п. 4 ст. 43 Закона о недрах - Постановление Федерального арбитражного суда Северо-Западного округа от 13.10.2006 N А05-5144/2006-29.
Согласно второму подходу (Постановления Девятого арбитражного апелляционного суда от 06.12.2006 N 09АП-15705/2006-АК, от 11.01.2009 N 09АП-17129/2008-АК , от 17.04.2009 N 09АП-4928/2009-АК) регулярные платежи за пользование недрами взимаются за фактическое пользование недрами. Однако следует учитывать, что вопрос, рассматриваемый в указанных Постановлениях, касается уплаты регулярных платежей за пользование недрами в случаях передачи права на геологическое изучение участков недр, окончания срока действия лицензии и внесения изменений в лицензию.